A principios de los años noventa se crearon en la UPAEP tres centros de investigación para contribuir a cimentar la actividad investigadora en profesores y alumnos. Fue hasta 1999 cuando se creó la Dirección de Investigación que hasta la fecha dirige esta actividad sustantiva, junto con la docencia, la vinculación y la extensión.
Dentro de sus objetivos se encuentran: